En la región el sitio recibe cada invierno entre el 30 y el 50% de la población total de la branta negra
A más de diez años que la Bahía de San Quintín se integró a la lista de humedales de importancia internacional conocida como la lista Ramsar, continúan las acciones de proteger los ecosistemas que fungen como hábitats de flora y fauna.
Desde el 2 de febrero del 2008 se considera un espacio prioritario para su protección de acuerdo con criterios que establecen la importancia de humedales representativos, raros o únicos, que son utilizados por especies y comunidades ecológicas en peligro, así como por poblaciones de aves acuáticas importantes por su densidad y distribución mundial.
La Bahía de San Quintín comprende el sitio numero 1 775 en la lista internacional, donde invernan, se alimentan y reproducen especies amenazadas o en peligro, entre las que se encuentran:
● Rascón picudo californiano (Rallus longirostris levipes)
● Polluela negra (Laterallus jamaicensis)
● Charrán mínimo (Sterna antillarum browni)
● Gorrión sabanero (Passerculus sandwichensis beldingi)
● Perlita bajacaliforniana norteña (Polioptila californica atwoodi)
● Chorlo nevado occidental (Charadrius alexandrinus nivosus)

Además, el sitio recibe cada invierno entre el 30 y el 50% de la población total de la branta negra (Branta bernicla nigricans), una especie migratoria que llega desde Alaska a la bahía de San Quintín.
El manejo del sitio se encuentra a cargo de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (Conanp) y recibe apoyo de Terra Peninsular A.C. para la vigilancia, manejo y monitoreo del sitio mediante el convenio de concertación CONANP/RPBCPN/ CONVENIOS/004/2014.
A más de una década de la integración de San Quintín a la lista Ramsar, Terra Peninsular y la Conanp han logrado conformar dentro del polígono Ramsar algunos espacios importantes de protección adicional como:
● 14 Acuerdos de Destino (AdD)
● 5 concesiones para conservación de la Zona Federal Marítimo Terrestre (ZOFEMAT)
● 2 Áreas Destinadas Voluntariamente a la Conservación (ADVC): Reserva Natural Punta Mazo y Reserva Natural Monte Ceniza
